第２話 「不敵！天才少女の挑戦！！」
ステーションに着き宇宙戦の特訓を始めるパイロットたち。
ノリコ達は宇宙戦闘の天才と出会う。カズミとユングの模擬戦闘のさなか
極秘とされている敵宇宙怪獣の標本を見てしまう。
その後、太陽系内に侵入する未確認飛行物体の調査にノリコとカズミが選出される。
目標に接近したノリコ達の目に映ったものは。
第３話 「初めてのときめき☆初めての出撃」
お姉さまに少しでも迷惑をかけまいと日々マシーン兵器の勉強を続けるノリコ。
マシーン兵器内で一人自習するノリコの前で、
お姉さまがコーチにペアの解消を求めていた。
落ち込むノリコの前に現れた、ちょっと気になる男子パイロット、スミス。
スミスとペアを組むことになったノリコ、そして敵襲。
緊張の初出撃。果たしてノリコは生きて戻れるのか。
第４話 「発進！！未完の最終兵器！」
初出撃時に何もできなかったノリコは、コーチから秘密兵器用の特訓を受けていた。
一方、ヱクセリオンは地球に向け最後のワープに入っていた。
ワープ中、亜空間内で突然の敵襲、に続きワープ後の緊急発進。
しかしノリコは艦内待機を命ぜられる。待機室で一人泣くノリコ。
味方の艦隊がほぼ全滅したとき、ノリコは決意を新たに立ち上がる。
今、未完の最終兵器がそのベールを脱ぎ捨てる。
第５話 「お願い！愛に時間を！！」
無事、地球に帰還したノリコ達を待っていたのは沖ジョの卒業式だった。
ノリコ達がヱクセリヲンで宇宙にいる間に地球では１０年の月日が流れていた。
旧友との再会や平和な日常もつかのま、監視衛星からの敵大集団接近の知らせ。
再び宇宙に出るノリコとカズミのガンバスター。
宇宙港でそれを見送るコーチとユング。
しかしコーチの体は宇宙放射線病におかされていた。
残された時間はあと半年足らず。
果たしてカズミは再びコーチと再会できるのか、そして地球の運命は。
第６話 「果てしなき流れのはてに・・・・・・」
宇宙怪獣に対し徹底抗戦することを決めた人類は、カルネアデス計画を発動。
8700隻を超える大艦隊を宇宙怪獣の巣と考えられている銀河系中心部に送る。
同じ頃地球ではカルネアデス計画の最終段階として
バスターマシン３号（ブラックホール爆弾）の建造が始まっていた。
完成したバスターマシン３号と銀河中心殴り込み艦隊が合流しいよいよというとき
８０億を超える宇宙怪獣の反撃が始まった。
すべての戦いが終わった後、今までにない感動があなたの心の中に。